Dinas Perhubungan Kabupaten/Kota Malang pertama kali dibentuk pada tahun 2002 sebagai bagian dari upaya pemekaran struktur perangkat daerah untuk meningkatkan efisiensi layanan publik di bidang transportasi. Awalnya berfungsi sebagai unit kecil dalam Sekretariat Daerah, namun seiring meningkatnya kebutuhan pengelolaan lalu lintas dan angkutan umum, pada tahun 2008 Dinas ini diperkuat dengan penambahan fungsi pengaturan trayek dan pengawasan sarana prasarana transportasi. Berdasarkan Peraturan Daerah Malang Nomor 5 Tahun 2014 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, Dinas Perhubungan Malang memperoleh susunan organisasi yang lebih terstruktur, meliputi bidang angkutan jalan, lalu lintas, dan sarana prasarana. Terakhir, melalui Peraturan Bupati/Wali Kota Malang Nomor 27 Tahun 2019, tugas dan fungsi Dinas Perhubungan Malang disesuaikan kembali untuk menekankan peningkatan keselamatan, inovasi pelayanan publik, dan pengembangan transportasi ramah lingkungan hingga saat ini.